来自异次元的种族MU占领了东京，并将城市隐藏在巨大的防护壁之后，他们欺骗在东京生活的人们他们已经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外，名为“TERRA”的反MU组织声势渐渐壮大。某原来就在一年多以前，沁兰之月王国的精灵女王碧翠丝·月华突然得了一种怪病，身体迅速的衰弱了下去，精灵们想尽了各种办法，连兽人的萨满、人类世间一切之善教会的主教们都被他们秘密绑架到了沁兰之月王国为女王治疗，但却都毫无效果，眼看着女王一天比一天虚弱，这让爱戴女王的精灵们痛苦极了。日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。
在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。
